Ao cadastrar um novo serviço ou alterar um serviço existente, é possível você definir o valor de venda como zero reais e ou optar pelas opções “Cobrar depois pelo serviço” ou “Não usar o serviço de cobrança”. Em qualquer uma desta opções, será possível, enquanto você quiser, estabelecer aquele serviço como gratuito.
O melhor é que você pode fazer isso de forma customizada. Para tanto, basta alterar o serviço para determinado cliente se cadastrar e depois retornar para uma configuração anterior.
Também seria possível cadastrar um produto para ser exclusivamente gratuito e não se preocupar em alterar a sua configuração eventualmente.